Чаще всего разработка прототипа занимает больше времени, чем дизайн и программирование сайта.
Когда-то давно прототипы рисовались на листочке, потом Axure и уже года три используем Moqups.
Moqups.com — это удобный и простой сервис для создания прототипов. Про стандартный функционал расписывать не будем, посмотрите на сайте.